Для работы был выбран белок супероксид дисмутаза, 1AZV
| Выбранные структурные гомологи (4RVP:C, 2SOD:O, 5J0G:A): |
| |
Структурное выравнивание в формате последовательностей
 |
| Рис.1. Структурное выравнивание, построенное в PDBeFold. Открыто в Jmol . Гомологи окрашены в разные цвета. |
Также было построено выравнивание последовательностей с помощью muscle.
На Рис.2 и 3 представленны фрагменты выравниваний. Видно, что в позиции 68 в выравнивании muscle аланин последовательности 5j0g выравнивается с фенилаланинами трех других последовательностей. В структурном выравнивании в этой позиции последовательности 5j0g стоит гэп, то есть в этой позиции гомология не наблюдается
 |
| Рис.2. Фрагмент структурного выравнивание в Jalview. |
 |
| Рис.3. Фрагмент выравнивание muscle в Jalview. |
При детальном рассмотрении остатков в структурном выравнивании (Рис.4) оказывается, что аланин последовательности 5j0g сильно отдален от фенилаланинов трех остальных последовательностей и находится в петле, а не в бета-листе. Следовательно, выравнивание, построенное в PDBeFold более правильное (по крайней мере в этом месте).
 |
| Рис.4. Структурное выравнивание. Аланин последовательности 5j0g выделен белым, фенилаланинины трех других последовательностей - желтым, красным и зеленым. |